Alors qu’il est censé nous protéger contre les agents pathogènes (virus, bactéries, etc.), notre système immunitaire peut parfois se déréguler. Il peut alors devenir trop sensible à des constituants exogènes et déclencher des allergies ou bien réagir contre des constituants du soi et favoriser l’émergence de maladies auto-immunes.

Les maladies auto-immunes forment un ensemble dans lequel on retrouve des maladies aussi différentes que le diabète de type 1, la sclérose en plaques, la polyarthrite rhumatoïde ou la maladie de Crohn. Elles correspondent toutes à des maladies chroniques déclenchées par la perte de tolérance immunologique de l’organisme face à ses propres constituants.

Dans leur grande majorité, les maladies auto-immunes sont multifactorielles. A quelques exceptions près, on estime qu’elles reposent sur l’association de facteurs génétiques, endogènes, exogènes et/ou environnementaux.

La majorité des maladies auto-immunes sont considérées comme dépendante d’une susceptibilité génétique, c’est-à-dire que leur développement est favorisé par une ou plusieurs particularités génétiques (ou polymorphismes). Parmi celles incriminées figurent d’abord des formes particulières des gènes HLA.

Les études expérimentales ou les données épidémiologiques décrivent clairement une association entre le microbiote intestinal, qui se situe à l’interface entre le système immunitaire et l’environnement, et la survenue d’une maladie auto-immune : la dysbiose, qui correspond à une modification qualitative et quantitative des différentes espèces colonisant notre système digestif par rapport aux conditions normales, est plus fréquente chez les malades que chez les personnes exemptes de maladies auto-immunes.

L’exposition à certains composants ou certains pathogènes semble associée au risque de maladies auto-immunes. Certains polluants environnementaux, les ultra-violets, le stress ou la nutrition sont aussi suspectés.

D’où l’intérêt de plus en plus démontré, qu’en plus de la prise en charge classique des maladies auto-immunes, une investigation sur l’état du microbiote intestinal  et l’état nutritionnel  du patient soient demandés.